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患者の受診プロセス向けデータテンプレート

Oracle Health（Cerner）

患者の受診プロセスの属性(19) 患者の受診プロセスのアクティビティ(14) データ抽出ガイド(2)

患者の受診プロセス向けデータテンプレート

このテンプレートでは、患者の受診プロセスを分析・改善するために必要なデータを整理しています。収集する重要な属性や追跡するアクティビティを確認でき、データ抽出の手順も掲載しています。この資料を参考にイベントログを準備し、プロセスマイニングを始めましょう。

収集を推奨する属性
追跡する主なアクティビティ
データ抽出の手順

イベントログを初めて作成する方はこちら：プロセスマイニング用イベントログの作成方法.

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患者の受診プロセスの属性

システム内の患者の受診プロセスを詳しく分析するために、イベントログに含めることを推奨するデータ項目です。

5 必須 8 推奨 6 任意

	名前	説明
	アクティビティ ClinicalEventTag	実施された臨床イベントまたは事務処理の名前や説明です。
説明患者の診療中に行われた具体的な処置を示す属性です。たとえば、「薬剤の投与」「バイタルサインの測定」「患者の退院」などが該当します。プロセスの各ステップを人が理解しやすい名称で表示します。 Cernerでは、CLINICAL_EVENTテーブルのEVENT_CD（イベントコード）を表示値に対応付けるか、EVENT_TAGを使って設定することが一般的です。プロセスマップを読みやすくするには、名称の付け方を統一することが重要です。重要な理由プロセスマップの各ステップを定義し、ワークフローを可視化します。入手先テーブル：CLINICAL_EVENT、列：EVENT_TAGまたはEVENT_CDに関連付けられたCODE_VALUE 例トリアージ評価白血球分画を含む血算退院指示患者の移送
	イベントのタイムスタンプ EventEndDateTime	アクティビティが発生または完了した日時です。
説明イベントが発生した正確な時刻を記録する属性です。アクティビティを時系列に並べ、プロセスの各ステップ間のサイクルタイムを算出するために使います。 CLINICAL_EVENTテーブルでは、通常EVENT_END_DT_TMに該当します。たとえば「患者登録」から「トリアージ評価」までの待ち時間を算出するには、時刻の正確さが欠かせません。重要な理由イベントの順序を特定し、リードタイムなどの重要業績評価指標（KPI）を算出するために必要です。入手先テーブル：CLINICAL_EVENT、列：EVENT_END_DT_TM 例 2023-10-15T08:30:00Z2023-10-15T09:15:45Z2023-10-16T14:20:00Z
	患者の診療エピソード EncounterId	特定の患者の受診または診療エピソードを識別する一意のIDです。
説明患者の診療経過を識別する中心的なケースIDとなる属性です。入院や救急受診など、1回の診療期間中に発生したすべての臨床イベント、オーダー、事務処理をまとめます。プロセスマイニングでは、このIDを使って個別のアクティビティを関連付け、1つのプロセスとして把握します。技術的には、Cerner MillenniumデータベースのENCOUNTERテーブルにある`ENCNTR_ID`に該当します。患者の基本情報、オーダー、臨床イベントを関連付ける主キーです。重要な理由入院から退院までの患者の診療経過を再構成するために必要な基本キーです。入手先テーブル：ENCOUNTER、列：ENCNTR_ID 例 123456789876543211223344
	ソースシステム SourceSystem	データの取得元となったシステムの名前です。
説明データレコードの取得元アプリケーションを示します。この場合、主に「Oracle Health」または「Cerner Millennium」が該当します。複数のシステムを使い、他の電子カルテや部門システムのデータと組み合わせる環境で役立ちます。複数のデータソースを取り込む場合、データの出所に基づいてプロセス分析を絞り込んだり、分類したりできます。重要な理由特に複数システムを対象とするプロセスマイニングで、データの来歴と追跡可能性を確保します。入手先固定文字列またはシステムメタデータ例 Oracle HealthCerner Millennium
	最終データ更新日時 LastDataUpdate	レコードがデータウェアハウスに抽出された日時、または最後に変更された日時です。
説明分析に使うデータの鮮度を示します。このタイムスタンプにより、リアルタイムのデータか、前回の読み込み時点のスナップショットかを確認できます。通常、臨床属性ではなく、ETL（抽出、変換、読み込み）処理中に生成されます。重要な理由データガバナンスを確保し、最新の情報に基づいて分析を行うために重要です。入手先 ETLシステムのタイムスタンプ例 2023-11-01T00:00:00Z2023-11-02T12:00:00Z
	オーダー項目 OrderMnemonic	検査や薬剤など、登録されたオーダーの具体的な名称です。
説明オーダーイベントの内容を示します。たとえば、「血算」「アスピリン81mg」などです。「診断検査のオーダー」や「薬剤の投与」アクティビティの分析に必要なコンテキストを提供します。通常、ORDERSテーブルの`ORDER_MNEMONIC`に記録されています。プロセス内を流れる「製品」に相当します。重要な理由診断や治療の経路を詳細に分析するために必要です。入手先テーブル：ORDERS、列：ORDER_MNEMONIC 例胸部X線基本代謝パネルアセトアミノフェン脳MRI
	ユーザー PerformingPrsnlId	アクティビティを実施した医療従事者のIDまたは名前です。
説明薬剤を投与した看護師や退院に署名した医師など、プロセスの各ステップを実行した担当者を記録します。リソースの利用状況を分析できます。 Cernerでは、テーブルに応じて`PERFORMED_PRSNL_ID`または`UPDT_ID`に該当します（オーダーまたは臨床イベント）。これを汎用の「ユーザー」属性に対応付けると、職務分掌の分析に役立ちます。重要な理由リソース分析に役立ち、研修の必要性や業務負荷の偏りを特定できます。入手先テーブル：CLINICAL_EVENT、列：PERFORMED_PRSNL_ID 例スミス医師ジョーンズ看護師システム管理者
	主診断 DiagnosisCode	診療の主な理由を示すICD-10またはSNOMEDコードです。
説明診療エピソードに割り当てられた標準的な臨床コードです（例：肺炎を示す「J18.9」）。疾患ごとに患者を分類し、特定の疾患における「治療プロトコルからの逸脱」を分析できます。 DIAGNOSISテーブルに記録され、受診情報に関連付けられています。重要な理由特定の疾患について、患者の診療経路を同じ条件で比較できます。入手先テーブル：DIAGNOSIS、列：DIAGNOSIS_CODE（コード体系を参照）例 I10E11.9J18.9
	再入院の有無 IsReadmission	前回の退院から30日以内に発生した診療エピソードかどうかを示すフラグです。
説明再入院に該当するケースを特定する真偽値フラグです。同じ`PersonId`について、今回の診療エピソードの入院日と前回の退院日を比較して算出します。「患者の再入院傾向」ダッシュボードに欠かせません。重要な理由ケアの質を測る重要な指標である「患者の再入院率」の重要業績評価指標（KPI）に直接役立ちます。入手先 ENCOUNTERレコードを比較するSQLロジックから算出例 truefalse
	受診種別 EncounterType	入院、外来、救急など、患者の受診区分です。
説明患者の診療エピソードの種類を分類します。救急受診と予定入院ではプロセスの流れが大きく異なるため、データを分類して分析する際の主要な切り口となります。 ENCOUNTERテーブルの`ENCNTR_TYPE_CD`から取得します。このコードは、「入院」「救急」などのコード値を参照します。重要な理由診療環境ごとの診療経路や処理量を比較できます。入手先テーブル：ENCOUNTER、列：ENCNTR_TYPE_CD（CODE_VALUEで値を特定）例入院救急外来日帰り手術
	患者ID PersonId	複数の受診にわたって患者を識別する一意のIDです。
説明ケースIDとは異なり、患者ID（またはPerson ID）は、患者が何度受診しても変わりません。再入院率の分析や、患者の長期的な診療履歴の把握に欠かせない属性です。 Cernerでは、PERSONテーブルの`PERSON_ID`に該当します。複数の`ENCNTR_ID`レコードを関連付けます。重要な理由別々の診療エピソードを同じ患者に関連付け、「患者の再入院率」の重要業績評価指標（KPI）を算出できます。入手先テーブル：PERSON、列：PERSON_ID 例 P10001P55992P99221
	診療科 NurseUnit	イベントが発生した病棟、ユニット、診療科です。
説明イベント発生時に患者を担当していた物理的な場所または組織単位を示します。たとえば、「集中治療室」「一般外科」「救急部門」などです。ユニット間の患者移動を追跡し、「病棟間移送の効率」ダッシュボードで分析できます。Cernerでは、受診テーブルまたは追跡テーブルの`LOC_NURSE_UNIT_CD`に該当することが一般的です。重要な理由特定の診療科におけるボトルネックの分析や、患者の移動経路の可視化に必要です。入手先テーブル：ENCOUNTERまたはCLINICAL_EVENT、列：LOC_NURSE_UNIT_CD 例救急部門循環器病棟ICU放射線科
	退院時の状況 DischargeDisposition	退院時の患者の行き先または状態です。
説明診療エピソードの終了後に患者がどこへ移ったかを示します。たとえば、「自宅」「介護施設」「死亡」などです。退院計画の分析や、望ましくない結果の特定に欠かせません。 ENCOUNTERテーブルの`DISCH_DISPOSITION_CD`に記録されています。重要な理由患者の診療経過の「終了状態」を示す、主要な結果指標です。入手先テーブル：ENCOUNTER、列：DISCH_DISPOSITION_CD（CODE_VALUEで値を特定）例自宅へ退院リハビリ施設へ転院医師の助言に反して退院死亡
	オーダー番号 OrderId	検査、薬剤、診察などの個別オーダーを識別する一意のIDです。
説明オーダーごとにシステムが生成するIDです。ケースIDではありませんが、重要な補助キーです。「診断検査のオーダー」イベントと「診断結果の確認」イベントを関連付けます。このIDがないと、患者に複数のオーダーが同時にある場合、検査ごとの正確な所要時間を算出するのが困難です。重要な理由対応するアクティビティ（オーダーから結果まで）を正確に関連付けるために必要です。入手先テーブル：ORDERS、列：ORDER_ID 例 88291028829103
	トリアージの優先度 TriageAcuity	トリアージ評価時に割り当てられた緊急度です。
説明患者の状態の重症度を示す数値または区分です（例：1＝緊急、5＝非緊急）。待ち時間を分析する際の重要な分類属性です。優先度の高い患者ほど、待ち時間が短くなることが期待されます。通常、トリアージ時に臨床フォームまたは特定の観察コードに記録されます。重要な理由臨床上の緊急度に応じて、プロセスで患者が適切に優先されているかを確認するために重要です。入手先 Oracle Health（Cerner）の文書を参照してください。例 12345
	保険支払者種別 FinancialClass	患者の主な保険適用または財務区分です。
説明メディケア、民間保険、自費など、保険支払者に基づいて患者を分類します。保険の種類によってプロセスの流れや入院期間に違いがあるかを分析するために使います。 ENCOUNTERテーブルの`FINANCIAL_CLASS_CD`から取得します。重要な理由保険支払者の種類に応じた診療や事務処理の格差を特定するのに役立ちます。入手先テーブル：ENCOUNTER、列：FINANCIAL_CLASS_CD（CODE_VALUEで値を特定）例メディケアブルークロス自費メディケイド
	入院経路 AdmissionSource	患者が入院に至った経路です。
説明医師の紹介、救急外来、他院からの転院など、患者がどのように病院を受診したかを示します。病院の受け入れプロセスの分析に役立ちます。ENCOUNTERテーブルの`ADMIT_SRC_CD`に対応します。重要な理由受診経路を踏まえて「初回評価までの待ち時間」を分析できます。入手先テーブル：ENCOUNTER、列：ADMIT_SRC_CD 例救急外来医師からの紹介他院からの転院
	結果のステータス ResultStatus	診断結果の状態です（例：承認（確認済み）、修正済み、暫定）。
説明診断検査結果の進行状況を示します。「診断結果の提供時間」の分析で、臨床上の判断に正式に利用できるようになった時点を特定するために使います。通常、CLINICAL_EVENTテーブルのステータスコードに記録されています。重要な理由暫定結果と確定結果を区別できます。後続のアクティビティを開始できる時点の把握に役立ちます。入手先テーブル：CLINICAL_EVENT、列：RESULT_STATUS_CD 例承認（確認済み）エラー修正済み
	薬剤のステータス MedAdminStatus	薬剤オーダーの状態です（例：投与済み、拒否、未投与）。
説明薬剤投与タスクの結果を示します。「薬剤投与のコンプライアンス」ダッシュボードでは、実際に投与された薬剤と、予定されていたものの未投与または拒否された薬剤を区別するために重要です。 CLINICAL_EVENTテーブル、または薬剤投与記録（MAR）の専用テーブルに記録されていると考えられます。重要な理由治療プロトコルのコンプライアンス上の不足を特定します。入手先 Oracle Health（Cerner）の文書を参照してください。例投与済み拒否保留

必須推奨任意

患者の受診プロセスのアクティビティ

プロセスの実態把握とボトルネックの特定に向けて、イベントログに記録する主なプロセスのステップと節目です。

8 推奨 6 任意

	アクティビティ	説明
	トリアージ評価の完了	救急または入院時に、初回の看護評価またはトリアージフォームの記入が完了したことを示します。通常、システム内の特定のフォームまたは臨床イベントとして文書化されます。
重要な理由「初回評価の待ち時間」重要業績評価指標（KPI）の算出と、受付時のボトルネックの特定に欠かせません。入手先 CLINICAL_EVENTテーブル。トリアージまたは初回評価フォームに関連するイベントコードで絞り込みます。記録臨床文書またはフォームに署名・確認が行われた時点で記録イベントタイプ explicit
	患者の登録	患者が到着し、システムに登録された時点で患者エピソードが始まります。Cerner Millenniumでは、受診記録の作成時、または登録のタイムスタンプが設定された時点で記録されます。
重要な理由在院日数（LOS）の計算と初回評価の待ち時間分析における開始時刻を定めます。入手先 ENCOUNTERテーブル、特にREG_DT_TM（登録日時）列。記録トランザクションによって新しいENCOUNTER行が作成された時点で記録イベントタイプ explicit
	患者の退院	患者の入院期間を締めくくる最後の事務処理イベントです。このタイムスタンプを使って、入院期間の合計を算出します。
重要な理由プロセスの主な終了イベントです。入院期間や再入院の計算に欠かせません。入手先 ENCOUNTERテーブルのDISCH_DT_TM（退院日時）です。記録受診ステータスがDISCHARGEDに変わった時点で記録されます。イベントタイプ explicit
	診断の文書化	患者の受診記録に正式な診断が追加された時点で発生します。検査結果とは異なり、医療従事者が病状を確定したことを示します。
重要な理由「診断の確定」のマイルストーンと、確定診断までの時間の分析に欠かせません。入手先 DIAGNOSISテーブル。ENCOUNTER_IDに紐づくDIAGNOSIS_DT_TMを使用します。記録 PowerChartで診断が追加または更新された時点で記録イベントタイプ explicit
	診断検査の依頼	医療従事者が検査室での検査や画像検査を依頼した時点で発生します。このタイムスタンプを起点に、診断にかかる所要時間を算出します。
重要な理由「診断結果の提供時間」重要業績評価指標（KPI）の開始点です。依頼から実施までの遅延の特定に役立ちます。入手先 ORDERSテーブル。カタログの種類がLaboratoryまたはRadiologyの場合、ORIG_ORDER_DT_TMを使用します。記録依頼のステータスがORDEREDに設定された時点で記録イベントタイプ explicit
	診断結果の確認	検査室での検査または画像検査の結果が確定し、医療従事者が確認できる状態になった時点です。診断にかかる所要時間の計測が終了します。
重要な理由「診断結果の提供時間」の計測を完了し、その後の治療方針の決定につなげます。入手先 CLINICAL_EVENTテーブル（検査室での検査の場合）、またはステータスがCOMPLETEDに変更されたORDERS。記録結果のステータスがAUTH（認証済み）に変更された時点で記録イベントタイプ explicit
	退院指示への署名	医師が患者の退院指示を入力した時点のイベントです。ここから退院計画の時間計測が始まります。
重要な理由「退院計画のサイクルタイム」の起点です。この時点から実際の退院までの差が、業務上の遅延を示します。入手先 ORDERSテーブルで、カタログタイプが退院を示すレコードです。記録退院指示のステータスがORDEREDになった時点で記録されます。イベントタイプ explicit
	部門間の移送	患者がある場所（例：ER）から別の場所（例：ICU）へ実際に移動したことを示します。場所の履歴から追跡できます。
重要な理由「病棟間移送の効率」分析を可能にし、病院内の患者の流れを可視化します。入手先 ENCNTR_LOC_HIST（受診場所の履歴）テーブル。LOC_NURSE_UNIT_CDの変更を記録します。記録変更前後のステータスフィールドを比較イベントタイプ inferred
	ケアプランの有効化	CernerでPowerPlanまたはケア経路が開始されたことを示します。標準化された治療プロトコルが選択されたことを表します。
重要な理由実際のケアと計画された経路を比較する「治療プロトコルからの逸脱分析」に欠かせません。入手先 ACT_PW_CAT（Action Pathway Catalog）またはDCP_FORMS_REF。ケア経路を受診記録に紐づけます。記録 PowerPlanが開始された時点で記録イベントタイプ explicit
	フォローアップ予約の設定	同じ診療エピソードまたはケアプランに関連付けられた患者の次回予約が登録された時点で発生します。
重要な理由「フォローアップ予約の適時性」ダッシュボードで使用します。継続的なケアの効率を測定します。入手先 PERSON_IDに関連付けられたSCH_APPT（予約）テーブルです。記録予約管理モジュールで予約が作成された時点で記録されます。イベントタイプ explicit
	手技の予定確定	手術または主要な手技が、特定の日時に予約されたことを示します。リソース配分や手技前の待ち時間の把握に役立ちます。
重要な理由手術室や処置室の利用における予約の効率と、潜在的なボトルネックを明らかにします。入手先 SURGICAL_CASEテーブル、または受診記録に紐づくSCH_APPTテーブル。記録予約のトランザクションが確定した時点で記録イベントタイプ explicit
	手技の実施	手術または主要な手技が実際に行われた日時を示します。周術期の文書に記録されることが一般的です。
重要な理由臨床経路とリソース利用の分析における重要なマイルストーンです。入手先 SURGICAL_CASEテーブル（手術の開始・終了時刻）、またはベッドサイドでの手技に関するCLINICAL_EVENT。記録 SurgiNetまたは手技の文書に記録イベントタイプ explicit
	服薬の実施	Medication Administration Record（MAR）に記録された、患者への実際の服薬実施を記録します。
重要な理由「服薬実施のコンプライアンス」ダッシュボードで、薬剤が予定どおりに投与されたかを確認できます。入手先 CLINICAL_EVENTテーブル。服薬実施イベント（Task Status = Complete）で絞り込みます。記録バーコードのスキャン時、またはMARへの手動入力時に記録イベントタイプ explicit
	診察の完了	専門医による診察が完了したことを示します。通常、署名済みの診察記録または文書で確認できます。
重要な理由専門医の診察を受けた時点を特定できます。複雑なケア経路では、ここがボトルネックになる場合があります。入手先 CLINICAL_EVENTテーブル。診察に分類された文書の種類で絞り込みます。記録診察記録に署名した時点で記録イベントタイプ explicit

推奨任意

データ抽出ガイド

Oracle Healthからデータを取得する方法

ステップ

Discern Visual Developerを起動：CitrixまたはローカルのCernerドメインアクセス環境で、Discern Visual Developer（DVDev）アプリケーションを開きます。
新しいスクリプトを作成：新しいCommand Language（CCL）スクリプトファイル（例：extract_patient_journey.prg）を作成します。
プロンプトを定義：スクリプトの先頭でstart_dateとend_dateの入力プロンプトを定義し、期間を指定して実行できるようにします。
定数を設定：コードセット（受診種別、オーダーカタログ、イベントコードなど）の定数を定義します。ドメインによって異なる数値のcode_valueを直接記述せずに済みます。組織で使用するトリアージ、退院、診察フォームのcode_valueまたはdisplay_keyを確認する必要がある場合があります。
クエリを作成：以下のSQLクエリをスクリプト本体にコピーします。このクエリはUNION ALLを使って複数のテーブル（ENCOUNTER、CLINICAL_EVENT、ORDERS、SURG_CASE_TBLなど）のデータを1つのフラットなイベントログにまとめます。
スクリプトをコンパイル：コンパイル機能（Ctrl+F7またはBuildメニュー）を使い、構文エラーがないか確認します。参照するテーブルへのSELECT権限があることも確認してください。
実行してエクスポート：スクリプトを実行します（Go/F9）。出力先として「Spreadsheet」または「Flat File」を選択し、出力結果をCSVファイルとして保存します。
データ変換（任意）：日付がCerner固有の形式（ユリウス日やISO形式でないタイムスタンプなど）で返される場合は、アップロード前にExcelまたはスクリプトでYYYY-MM-DD HH:MM:SS形式に変換します。
検証：PowerChartで既知の患者の受診ID（FIN）を照合し、タイムスタンプが抽出結果と一致することを確認します。
ProcessMindにアップロード：CSVファイルをProcessMindにインポートし、列EncounterIdをケースID、ClinicalEventTagをアクティビティ、EventEndDateTimeをタイムスタンプに対応付けます。

設定

期間：推奨する実行期間は3～6か月です。CLINICAL_EVENTテーブルのデータ量が多いため、期間を長くするとタイムアウトする場合があります。
コードセット（CDF）：クエリではcode_valueによる絞り込みを行います。[REPLACE_WITH_TRIAGE_EVENT_CD]などのプレースホルダーを、使用環境の実際のコード（CODE_VALUEテーブルで確認）に置き換えてください。
権限：スクリプトの実行ユーザーには、ENCOUNTER、CLINICAL_EVENT、ORDERS、SURG_CASE_TBL、ENCNTR_LOC_HIST、SCH_APPOINTMENTなどのテーブルに対するd（データベース）アクセス権が必要です。
パフォーマンス：CLINICAL_EVENTテーブルは非常に大きいため、EVENT_END_DT_TMの日付フィルターがインデックスを利用し、必ず適用されることを確認してください。
再入院の判定：IsReadmission属性はプレースホルダーとして含まれています。複雑な過去期間の判定は、抽出クエリではなく、データの読み込み後にProcessMindアプリケーション内で行うことを推奨します。

クエリの例 sql

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Patient Registered'
    , EventEndDateTime = FORMAT(E.REG_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = P.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = 'N/A'
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1) /* Days */
    , IsReadmission = '0' /* Calculate in Tool */
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    ENCOUNTER E
    , PERSON P
    , PRSNL PR
WHERE
    E.REG_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND E.PERSON_ID = P.PERSON_ID
    AND E.REG_PRSNL_ID = PR.PERSON_ID
    AND E.ACTIVE_IND = 1

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Triage Assessment Completed'
    , EventEndDateTime = FORMAT(CE.EVENT_END_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = CE.EVENT_TAG
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    CLINICAL_EVENT CE
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    CE.EVENT_END_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND CE.EVENT_CD IN ([REPLACE_WITH_TRIAGE_EVENT_CD]) /* e.g., Triage Acuity */
    AND CE.VALID_UNTIL_DT_TM > CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3)
    AND CE.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND CE.PERFORMED_PRSNL_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Diagnostic Order Placed'
    , EventEndDateTime = FORMAT(O.ORIG_ORDER_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = O.ORDER_MNEMONIC
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    ORDERS O
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    O.ORIG_ORDER_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND O.CATALOG_TYPE_CD IN ([REPLACE_WITH_LAB_RAD_CODES]) /* General Lab, Radiology */
    AND O.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND O.ORDER_STATUS_CD != [REPLACE_WITH_CANCELED_CODE]
    AND O.STATUS_PRSNL_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Procedure Scheduled'
    , EventEndDateTime = FORMAT(SCT.UPDT_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = 'Surgical Case'
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    SURG_CASE_TBL SCT
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    SCT.UPDT_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND SCT.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND SCT.UPDT_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Diagnosis Documented'
    , EventEndDateTime = FORMAT(D.DIAG_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = D.DIAGNOSIS_DISPLAY
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = D.DIAGNOSIS_DISPLAY
FROM
    DIAGNOSIS D
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    D.DIAG_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND D.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND D.ACTIVE_IND = 1
    AND D.DIAG_PRSNL_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Care Plan Activated'
    , EventEndDateTime = FORMAT(PWC.START_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = PWC.DESCRIPTION
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    ACT_PW_COMP PWC
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    PWC.START_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND PWC.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND PWC.ACTIVE_IND = 1
    AND PWC.START_PRSNL_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Medication Administered'
    , EventEndDateTime = FORMAT(CE.EVENT_END_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = CE.EVENT_TAG
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    CLINICAL_EVENT CE
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    CE.EVENT_END_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND CE.EVENT_CLASS_CD = [REPLACE_WITH_MED_ADMIN_CLASS] /* e.g., 232 (MED) */
    AND CE.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND CE.VALID_UNTIL_DT_TM > CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3)
    AND CE.PERFORMED_PRSNL_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Diagnostic Result Verified'
    , EventEndDateTime = FORMAT(CE.VERIFIED_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = CE.EVENT_TAG
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    CLINICAL_EVENT CE
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    CE.VERIFIED_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND CE.EVENT_CLASS_CD IN ([REPLACE_WITH_LAB_RAD_CLASS_CODES])
    AND CE.RESULT_STATUS_CD = [REPLACE_WITH_AUTH_STATUS_CD]
    AND CE.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND CE.VERIFIED_PRSNL_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Procedure Performed'
    , EventEndDateTime = FORMAT(SCT.SURG_START_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = 'N/A'
    , OrderMnemonic = 'Surgical Case'
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    SURG_CASE_TBL SCT
    , ENCOUNTER E
WHERE
    SCT.SURG_START_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND SCT.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Department Transfer Occurred'
    , EventEndDateTime = FORMAT(ELH.BEG_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(ELH.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = 'Transfer'
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    ENCNTR_LOC_HIST ELH
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    ELH.BEG_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND ELH.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND ELH.UPDT_ID = PR.PERSON_ID
    AND ELH.ACTIVE_IND = 1

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Consultation Completed'
    , EventEndDateTime = FORMAT(CE.EVENT_END_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = CE.EVENT_TAG
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    CLINICAL_EVENT CE
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    CE.EVENT_END_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND CE.EVENT_CD IN ([REPLACE_WITH_CONSULT_NOTE_CODES])
    AND CE.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND CE.PERFORMED_PRSNL_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Discharge Order Signed'
    , EventEndDateTime = FORMAT(O.ORIG_ORDER_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = O.ORDER_MNEMONIC
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    ORDERS O
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    O.ORIG_ORDER_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND O.ORDER_MNEMONIC = '*Discharge*'
    AND O.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND O.STATUS_PRSNL_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Patient Discharged'
    , EventEndDateTime = FORMAT(E.DISCH_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = 'N/A'
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    ENCOUNTER E
    , PERSON P
    , PRSNL PR
WHERE
    E.DISCH_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND E.PERSON_ID = P.PERSON_ID
    AND E.ACTIVE_IND = 1
    AND E.UPDT_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Follow-up Appointment Scheduled'
    , EventEndDateTime = FORMAT(SA.UPDT_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = SA.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = 'Follow-up'
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    SCH_APPOINTMENT SA
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    SA.UPDT_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND SA.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND SA.BEG_DT_TM > E.DISCH_DT_TM
    AND SA.SCH_STATE_CD != [REPLACE_WITH_CANCELED_STATE_CD]
    AND SA.UPDT_ID = PR.PERSON_ID

ステップ

事前設定：必要なライブラリ（pandas、requests）を含むPython環境と、Oracle Health（Cerner）FHIR R4エンドポイント用の有効なOAuth2認証情報（client_id、client_secret）を用意します。Patient、Encounter、Observation、Condition、Procedure、MedicationAdministration、ServiceRequest、DiagnosticReportのスコープが有効になっている必要があります。
認証の処理：認証サーバーからBearerトークンを取得する認証ハンドラーを実装します。Cernerの実装では、通常SMART on FHIRまたは標準的なOAuth2クライアント認証情報フローを使用します。提示されたスクリプトはトークン取得に対応しています。
スコープと期間の定義：抽出期間を決めます（例：last_updated_gtまたはdateパラメーター）。Encounterリソースの日付範囲を指定して反復処理し、患者エピソードの対象範囲を定める方法が推奨されます。
受診情報の取得（患者エピソード）：Encounterリソースを照会します。このリソースをケース識別子として使用します。Encounterリソース自体から、period.startを患者登録、period.endを患者退院として抽出し、locationの履歴をたどって診療科間の転棟を取得します。
臨床オーダーの抽出：受診IDで絞り込み、ServiceRequestリソースを照会します。intent=orderで絞り込み、診断オーダー発行と手技の予定設定（手術オーダーに分類されている場合）を取得します。authoredOnをイベント時刻に対応付けます。
診断と問題の抽出：受診に関連付けられたConditionリソースを照会します。recordedDateまたはonsetDateTimeを使って、診断記録イベントを作成します。可能な場合は、カテゴリencounter-diagnosisで絞り込みます。
手技の抽出：Procedureリソースを照会します。performedDateTimeを使って、手技実施イベントを作成します。これにより、予定された手技と完了した手術を区別できます。
薬剤情報の抽出：MedicationAdministrationリソースを照会します。実際の投与を記録するこのリソースは、MedicationRequestとは異なります。effectiveDateTimeを薬剤投与イベントの時刻として使用します。
検査と結果の抽出：ObservationまたはDiagnosticReportリソースを照会します。issuedまたはeffectiveDateTimeを診断結果の確認イベントに使用します。status=finalを確認してください。また、特定のObservationコード（トリアージの重症度に関するLOINCなど）を使って、トリアージ評価完了を特定します。
文書化とケアプランの抽出：DocumentReferenceを照会して診察完了（文書種別コードを使用）を取得し、CarePlanを照会してケアプラン有効化イベントを取得します。
退院関連アクティビティの特定：退院オーダー署名の判定には、特定の退院オーダーコードでServiceRequestを確認するか、最終退院の前の状態をEncounter.statusHistoryから読み取る必要がある場合があります。
データ変換とエクスポート：JSONレスポンスを表形式に変換します。必須列（EncounterId、ClinicalEventTag、EventEndDateTimeなど）を作成し、タイムスタンプをISO 8601形式に変換して、ProcessMindにアップロードできるCSVファイルとして出力します。

設定

FHIRベースURL：Oracle Health／Cernerの環境に固有のエンドポイント（例：https://fhir-myrecord.cerner.com/r4/...）。
認証スコープ：アプリケーションでsystem/Encounter.read、system/Observation.read、system/Patient.read、system/Procedure.read、system/Condition.readなどが有効になっていることを確認します。
日付による絞り込み：特定の日付以降に開始した患者エピソードを取得するには、Encounterリソースでdate=ge[YYYY-MM-DD]を使用します。全期間を一度に照会することは避けてください。
ページネーション：APIはデータをBundle形式で返します。データセット全体を取得するには、スクリプトでページネーションリンク（relation: next）を処理する必要があります。
並行処理：大量のデータを抽出する場合は、Encounter IDの範囲ごとにリクエストを並行処理する方法を検討します。ただし、APIのレート制限を守ってください。
コードによる絞り込み：トリアージと一般的なObservationを正確に識別できるよう、スクリプトのマッピング部分で特定のLOINCコードまたはSNOMEDコードを設定します。

クエリの例 python

import requests
import pandas as pd
import time
from datetime import datetime, timedelta

class=class="hl-string">"hl-comment"># === CONFIGURATION ===
FHIR_BASE_URL = class="hl-string">"https://fhir-ehr.cerner.com/r4/ec2458f2-1e24-41c8-b71b-0e701af7583d"  class=class="hl-string">"hl-comment"># Placeholder
CLIENT_ID = class="hl-string">"[YOUR_CLIENT_ID]"
CLIENT_SECRET = class="hl-string">"[YOUR_CLIENT_SECRET]"
TOKEN_URL = class="hl-string">"https://authorization.cerner.com/tenants/ec2458f2-1e24-41c8-b71b-0e701af7583d/protocols/oauth2/profiles/smart-v1/token"

class=class="hl-string">"hl-comment"># Standard headers
HEADERS = {
    class="hl-string">"Accept": class="hl-string">"application/fhir+json",
    class="hl-string">"Content-Type": class="hl-string">"application/json"
}

class=class="hl-string">"hl-comment"># === AUTHENTICATION ===
def get_access_token():
    class=class="hl-string">"hl-comment"># Basic OAuth2 Client Credentials implementation
    class=class="hl-string">"hl-comment"># Adjust for specific SMART on FHIR flows if needed
    payload = {
        class="hl-string">"grant_type": class="hl-string">"client_credentials",
        class="hl-string">"client_id": CLIENT_ID,
        class="hl-string">"client_secret": CLIENT_SECRET,
        class="hl-string">"scope": class="hl-string">"system/Encounter.read system/Patient.read system/Observation.read system/Procedure.read system/Condition.read system/MedicationAdministration.read system/ServiceRequest.read"
    }
    try:
        response = requests.post(TOKEN_URL, data=payload, auth=(CLIENT_ID, CLIENT_SECRET))
        response.raise_for_status()
        return response.json()[class="hl-string">"access_token"]
    except Exception as e:
        print(fclass="hl-string">"Auth failed: {e}")
        return None

class=class="hl-string">"hl-comment"># === API HELPER ===
def fetch_resource(url, token):
    resources = []
    headers = HEADERS.copy()
    headers[class="hl-string">"Authorization"] = fclass="hl-string">"Bearer {token}"
    
    while url:
        try:
            resp = requests.get(url, headers=headers)
            if resp.status_code == 429:
                time.sleep(2)
                continue
            resp.raise_for_status()
            data = resp.json()
            
            if class="hl-string">'entry' in data:
                resources.extend([item[class="hl-string">'resource'] for item in data[class="hl-string">'entry']])
            
            class=class="hl-string">"hl-comment"># Handle Pagination
            url = None
            for link in data.get(class="hl-string">'link', []):
                if link[class="hl-string">'relation'] == class="hl-string">'next':
                    url = link[class="hl-string">'url']
                    break
        except Exception as e:
            print(fclass="hl-string">"Error fetching {url}: {e}")
            break
    return resources

class=class="hl-string">"hl-comment"># === MAIN EXTRACTION ===
def extract_patient_journey(start_date, end_date):
    token = get_access_token()
    if not token:
        return

    class=class="hl-string">"hl-comment"># 1. Fetch Encounters (Episodes)
    print(class="hl-string">"Fetching Encounters...")
    enc_url = fclass="hl-string">"{FHIR_BASE_URL}/Encounter?date=ge{start_date}&date=le{end_date}"
    encounters = fetch_resource(enc_url, token)
    
    event_log = []

    print(fclass="hl-string">"Processing {len(encounters)} encounters...")
    
    for enc in encounters:
        enc_id = enc.get(class="hl-string">'id')
        patient_id = enc.get(class="hl-string">'subject', {}).get(class="hl-string">'reference', class="hl-string">'').replace(class="hl-string">'Patient/', class="hl-string">'')
        enc_type = enc.get(class="hl-string">'class', {}).get(class="hl-string">'code', class="hl-string">'Unknown')
        
        class=class="hl-string">"hl-comment"># Helper to append event
        def add_event(tag, timestamp, order_item=None, location=None):
            if timestamp:
                event_log.append({
                    class="hl-string">"EncounterId": enc_id,
                    class="hl-string">"PersonId": patient_id,
                    class="hl-string">"ClinicalEventTag": tag,
                    class="hl-string">"EventEndDateTime": timestamp,
                    class="hl-string">"SourceSystem": class="hl-string">"OracleHealth_Cerner",
                    class="hl-string">"EncounterType": enc_type,
                    class="hl-string">"NurseUnit": location,
                    class="hl-string">"OrderMnemonic": order_item,
                    class="hl-string">"LastDataUpdate": datetime.now().isoformat()
                })

        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 1: Patient Registered ---
        start_time = enc.get(class="hl-string">'period', {}).get(class="hl-string">'start')
        add_event(class="hl-string">"Patient Registered", start_time)

        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 13: Patient Discharged ---
        end_time = enc.get(class="hl-string">'period', {}).get(class="hl-string">'end')
        class=class="hl-string">"hl-comment"># Activity 12: Discharge Order Signed (Inferred from status or specific request)
        class=class="hl-string">"hl-comment"># For simplicity, if end_time exists, we assume discharge order preceded it slightly or check ServiceRequest
        add_event(class="hl-string">"Patient Discharged", end_time)

        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 10: Department Transfer Occurred ---
        locations = enc.get(class="hl-string">'location', [])
        for i, loc in enumerate(locations):
            loc_name = loc.get(class="hl-string">'location', {}).get(class="hl-string">'display', class="hl-string">'Unknown Unit')
            loc_start = loc.get(class="hl-string">'period', {}).get(class="hl-string">'start')
            class=class="hl-string">"hl-comment"># Skip the first location as it's usually registration
            if i > 0 and loc_start:
                add_event(class="hl-string">"Department Transfer Occurred", loc_start, location=loc_name)

        class=class="hl-string">"hl-comment"># === FETCH SUB-RESOURCES ===
        class=class="hl-string">"hl-comment"># Note: In production, consider batch requests or bulk export if available to avoid N+1 queries
        
        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 5: Diagnosis Documented ---
        cond_url = fclass="hl-string">"{FHIR_BASE_URL}/Condition?patient={patient_id}&encounter={enc_id}"
        conditions = fetch_resource(cond_url, token)
        for cond in conditions:
            dx_name = cond.get(class="hl-string">'code', {}).get(class="hl-string">'text', class="hl-string">'Unknown Diagnosis')
            dx_time = cond.get(class="hl-string">'recordedDate') or cond.get(class="hl-string">'onsetDateTime')
            add_event(class="hl-string">"Diagnosis Documented", dx_time, order_item=dx_name)

        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 9: Procedure Performed ---
        proc_url = fclass="hl-string">"{FHIR_BASE_URL}/Procedure?patient={patient_id}&encounter={enc_id}"
        procedures = fetch_resource(proc_url, token)
        for proc in procedures:
            if proc.get(class="hl-string">'status') == class="hl-string">'completed':
                proc_name = proc.get(class="hl-string">'code', {}).get(class="hl-string">'text', class="hl-string">'Unknown Procedure')
                proc_time = proc.get(class="hl-string">'performedDateTime')
                add_event(class="hl-string">"Procedure Performed", proc_time, order_item=proc_name)

        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 7: Medication Administered ---
        med_url = fclass="hl-string">"{FHIR_BASE_URL}/MedicationAdministration?patient={patient_id}&encounter={enc_id}"
        meds = fetch_resource(med_url, token)
        for med in meds:
            if med.get(class="hl-string">'status') == class="hl-string">'completed':
                med_name = med.get(class="hl-string">'medicationCodeableConcept', {}).get(class="hl-string">'text', class="hl-string">'Unknown Med')
                med_time = med.get(class="hl-string">'effectiveDateTime')
                add_event(class="hl-string">"Medication Administered", med_time, order_item=med_name)

        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 2, 8: Observations (Triage & Labs) ---
        obs_url = fclass="hl-string">"{FHIR_BASE_URL}/Observation?patient={patient_id}&encounter={enc_id}"
        observations = fetch_resource(obs_url, token)
        for obs in observations:
            obs_code = obs.get(class="hl-string">'code', {}).get(class="hl-string">'text', class="hl-string">'')
            obs_time = obs.get(class="hl-string">'effectiveDateTime') or obs.get(class="hl-string">'issued')
            categories = [c.get(class="hl-string">'code') for cat in obs.get(class="hl-string">'category', []) for c in cat.get(class="hl-string">'coding', [])]
            
            if class="hl-string">'triage' in str(categories).lower() or class="hl-string">'acuity' in obs_code.lower():
                add_event(class="hl-string">"Triage Assessment Completed", obs_time, order_item=obs_code)
            elif class="hl-string">'laboratory' in str(categories).lower() and obs.get(class="hl-string">'status') == class="hl-string">'final':
                add_event(class="hl-string">"Diagnostic Result Verified", obs_time, order_item=obs_code)

        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 3, 4, 12: Service Requests (Orders) ---
        req_url = fclass="hl-string">"{FHIR_BASE_URL}/ServiceRequest?patient={patient_id}&encounter={enc_id}"
        requests_list = fetch_resource(req_url, token)
        for req in requests_list:
            req_name = req.get(class="hl-string">'code', {}).get(class="hl-string">'text', class="hl-string">'Unknown Order')
            req_time = req.get(class="hl-string">'authoredOn')
            intent = req.get(class="hl-string">'intent')
            
            if intent == class="hl-string">'order':
                class=class="hl-string">"hl-comment"># Simple logic to distinguish Labs vs other orders based on code or category
                add_event(class="hl-string">"Diagnostic Order Placed", req_time, order_item=req_name)
            elif intent == class="hl-string">'plan':
                 add_event(class="hl-string">"Procedure Scheduled", req_time, order_item=req_name)
            
            class=class="hl-string">"hl-comment"># Discharge Order Logic (Placeholder: Check for specific discharge code)
            if class="hl-string">"discharge" in req_name.lower():
                add_event(class="hl-string">"Discharge Order Signed", req_time)

        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 6: Care Plan Activated ---
        cp_url = fclass="hl-string">"{FHIR_BASE_URL}/CarePlan?patient={patient_id}&encounter={enc_id}"
        careplans = fetch_resource(cp_url, token)
        for cp in careplans:
            cp_start = cp.get(class="hl-string">'period', {}).get(class="hl-string">'start')
            add_event(class="hl-string">"Care Plan Activated", cp_start)

        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 11: Consultation Completed ---
        class=class="hl-string">"hl-comment"># Often DocumentReference
        doc_url = fclass="hl-string">"{FHIR_BASE_URL}/DocumentReference?patient={patient_id}&encounter={enc_id}"
        docs = fetch_resource(doc_url, token)
        for doc in docs:
            type_text = doc.get(class="hl-string">'type', {}).get(class="hl-string">'text', class="hl-string">'').lower()
            if class="hl-string">'consult' in type_text or class="hl-string">'note' in type_text:
                doc_date = doc.get(class="hl-string">'date') class=class="hl-string">"hl-comment"># When document was created/signed
                add_event(class="hl-string">"Consultation Completed", doc_date, order_item=type_text)
        
        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 14: Follow-up Appointment Scheduled ---
        class=class="hl-string">"hl-comment"># Check for appointments created strictly after encounter start, linked to patient
        apt_url = fclass="hl-string">"{FHIR_BASE_URL}/Appointment?patient={patient_id}&date=ge{start_time}"
        appointments = fetch_resource(apt_url, token)
        for apt in appointments:
            created_date = apt.get(class="hl-string">'created') class=class="hl-string">"hl-comment"># When the booking happened
            if created_date and start_time and created_date >= start_time:
                 add_event(class="hl-string">"Follow-up Appointment Scheduled", created_date)

    class=class="hl-string">"hl-comment"># === EXPORT ===
    df = pd.DataFrame(event_log)
    class=class="hl-string">"hl-comment"># Basic cleaning
    df.drop_duplicates(inplace=True)
    df.fillna(class="hl-string">'', inplace=True)
    
    output_file = class="hl-string">"cerner_extraction.csv"
    df.to_csv(output_file, index=False)
    print(fclass="hl-string">"Extraction complete. Saved to {output_file}")

class=class="hl-string">"hl-comment"># Run extraction for a specific window
extract_patient_journey(class="hl-string">"2023-01-01", class="hl-string">"2023-01-07")

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