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患者ジャーニーのデータテンプレート

Oracle Health（Cerner）

患者ジャーニーの属性 (19) 患者ジャーニーのアクティビティ (14) 抽出ガイド (2)

患者ジャーニーのデータテンプレート

この詳細なテンプレートでは、患者ジャーニーを効果的に分析・最適化するために必要なデータを整理しています。収集すべき重要な属性、追跡すべき主要なアクティビティ、データ抽出の手順を確認できます。この資料を使ってイベントログを準備し、スムーズにプロセスマイニングを始めてください。

収集を推奨する属性
追跡すべき主要なアクティビティ
抽出手順

イベントログを初めて扱いますか。学ぶプロセスマイニングのイベントログを作成する方法.

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患者ジャーニーの属性

システム内の患者ジャーニーを詳細に分析するため、イベントログに含めることを推奨するデータ項目です。

5 必須 8 推奨 6 任意

	名前	説明
	アクティビティ ClinicalEventTag	実行された臨床イベントまたは管理イベントの名称または説明です。
説明この属性は、患者様のケア中に実行された具体的なアクションを記録します。たとえば、「投薬実施」、「バイタルサイン測定」、「患者様の退院」などです。プロセスの各ステップを人が読める名称で示します。 Cernerでは、CLINICAL_EVENTテーブルの`EVENT_CD`（イベントコード）を表示値に対応付けるか、`EVENT_TAG`を使って取得することが一般的です。読みやすいプロセスマップを作成するには、ここで一貫した命名規則を用いることが重要です。重要な理由プロセスマップ上のステップを定義し、ワークフローを可視化できるようにします。入手先テーブル：CLINICAL_EVENT、列：EVENT_TAGまたはEVENT_CDに紐づくCODE_VALUE 例トリアージ評価白血球分画付き全血球計算退院指示患者転送
	イベントのタイムスタンプ EventEndDateTime	アクティビティが発生または完了した具体的な日時です。
説明この属性には、イベントが発生した正確な時刻を記録します。アクティビティを時系列に並べ、プロセスの各ステップ間のサイクルタイムを計算するために使用します。 `CLINICAL_EVENT`テーブルでは、通常`EVENT_END_DT_TM`に対応します。ここでの正確性は、`Patient Registered`と`Triage Assessment`の間隔など、待ち時間を計算するうえで欠かせません。重要な理由イベントの順序を特定し、リードタイムなどのパフォーマンスKPIを計算するために必要です。入手先テーブル：CLINICAL_EVENT、列：EVENT_END_DT_TM 例 2023-10-15T08:30:00Z2023-10-15T09:15:45Z2023-10-16T14:20:00Z
	患者様のエピソード EncounterId	特定の患者様の受診またはケアのエピソードを一意に識別するIDです。
説明この属性は、患者様の受療経路における中心的なケース識別子です。入院や救急受診など、1つのケア期間内に発生するすべての臨床イベント、オーダー、管理上の処理をまとめます。プロセスマイニングでは、分断されたアクティビティを1つのプロセスビューに関連付けるために、このIDが欠かせません。技術的には、Cerner MillenniumデータベースのENCOUNTERテーブルにある`ENCNTR_ID`に該当します。患者様の基本情報、オーダー、臨床イベントをリンクするために使われる主キーです。重要な理由入院から退院までの患者様の受療経路をエンドツーエンドで再構成するために必要な基本キーです。入手先テーブル：ENCOUNTER、列：ENCNTR_ID 例 123456789876543211223344
	ソースシステム SourceSystem	データの取得元となったシステムの名称です。
説明データレコードの元となるアプリケーションを特定します。この場合、主に`Oracle Health`または`Cerner Millennium`です。ほかのEMRや部門システムのデータを組み合わせるマルチシステム環境で役立ちます。複数のソースからデータを取り込む場合、データの出所に基づいてプロセス分析をフィルタリングまたは分類できます。重要な理由特に複数のシステムを対象とするプロセスマイニング環境で、データの系譜と追跡可能性を確保します。入手先ハードコードされた文字列またはシステムメタデータ例 Oracle HealthCerner Millennium
	最終データ更新日時 LastDataUpdate	レコードがデータウェアハウスに抽出された時刻、または最後に変更された時刻です。
説明分析に使用するデータの鮮度を示します。このタイムスタンプにより、リアルタイムデータを見ているのか、以前のロード時点のスナップショットを見ているのかを確認できます。通常は臨床属性ではなく、ETL（Extract、Transform、Load）プロセス中に生成されます。重要な理由データガバナンスと、最新の情報に基づく分析を確保するために重要です。入手先 ETLシステムのタイムスタンプ例 2023-11-01T00:00:00Z2023-11-02T12:00:00Z
	オーダー項目 OrderMnemonic	発行された具体的なオーダーの名称です。検査や薬剤などが該当します。
説明オーダーイベントの内容を示します（例：「全血球計算」「アスピリン81mg」）。「診断オーダー発行」や「薬剤投与」のアクティビティに必要な文脈を提供します。通常は`ORDERS`テーブルの`ORDER_MNEMONIC`に記録されます。プロセスを通過する「製品」に相当します。重要な理由診断および治療経路を詳細に分析するために必要です。入手先テーブル：ORDERS、列：ORDER_MNEMONIC 例胸部X線基礎代謝パネルアセトアミノフェン脳MRI
	ケース種別 EncounterType	入院、外来、救急など、患者の受診種別です。
説明患者エピソードの性質を分類します。データを切り分ける主要な軸であり、「救急」受診と「予定入院」ではプロセスフローが大きく異なります。 `ENCOUNTER`テーブルの`ENCNTR_TYPE_CD`から取得します。この列は、コードセットの値（例：「入院」「救急」）を参照します。重要な理由異なる医療提供環境における経路と処理量を比較分析できます。入手先テーブル：ENCOUNTER、列：ENCNTR_TYPE_CD（CODE_VALUEで解決）例入院患者救急外来患者日帰り手術
	ユーザー PerformingPrsnlId	アクティビティを実施した医療従事者の識別子または氏名です。
説明薬剤を投与した看護師や退院処理に署名した医師など、プロセスの各ステップを実行した担当者を記録します。これにより、リソースの利用状況を分析できます。 Cernerでは、テーブルに応じて`PERFORMED_PRSNL_ID`または`UPDT_ID`に該当することが多い項目です（OrdersとClinical Events）。これを汎用的な「ユーザー」属性にマッピングすると、職務分掌を分析できます。重要な理由リソース分析に役立ち、トレーニングの必要性や業務負荷の偏りを特定できます。入手先テーブル：CLINICAL_EVENT、列：PERFORMED_PRSNL_ID 例 Smith医師Jones看護師システム管理者
	主傷病名 DiagnosisCode	治療を受ける主な理由を示すICD-10またはSNOMEDコードです。
説明エピソードに割り当てられた標準化された臨床コードです（例：肺炎を示す「J18.9」）。疾患ごとに患者をグループ化し、特定の疾患に対する「治療プロトコル逸脱」を分析できます。受診記録に紐づく`DIAGNOSIS`テーブルに記録されます。重要な理由特定の疾患について、患者経路を同じ条件で比較できます。入手先テーブル：DIAGNOSIS、列：DIAGNOSIS_CODE（命名体系経由）例 I10E11.9J18.9
	再入院かどうか IsReadmission	前回の退院から30日以内に発生したエピソードかどうかを示すフラグです。
説明再入院に該当するケースを特定するためのブール型フラグです。同じ`PersonId`について、現在のエピソードの入院日と前回エピソードの退院日を比較して算出します。「患者再入院傾向」ダッシュボードに欠かせません。重要な理由医療の質を示す主要指標である「患者再入院率」KPIを直接支援します。入手先 ENCOUNTERレコードを比較するSQLロジックから算出例 truefalse
	患者ID PersonId	複数の受診記録にまたがって患者を一意に識別するIDです。
説明 Case IDとは異なり、Patient ID（またはPerson ID）は、患者が病院を受診したすべての記録で変わりません。この属性は、再入院率の分析や患者の長期的な履歴の把握に欠かせません。 Cernerでは、`PERSON`テーブルの`PERSON_ID`に該当します。複数の`ENCNTR_ID`レコードを関連付けます。重要な理由別々のエピソードを同じ個人に関連付け、「患者再入院率」KPIを算出できます。入手先テーブル：PERSON、列：PERSON_ID 例 P10001P55992P99221
	退院時の状態 DischargeDisposition	退院時の患者の行き先または状態です。
説明エピソード終了後の患者の行き先を示します（例：「自宅」「熟練看護施設」「死亡」）。「退院計画」分析や望ましくない結果の特定に欠かせません。 `ENCOUNTER`テーブルの`DISCH_DISPOSITION_CD`に記録されます。重要な理由主要な結果指標であり、患者の経過における「終了状態」を定義します。入手先テーブル：ENCOUNTER、列：DISCH_DISPOSITION_CD（CODE_VALUEで解決）例自宅へ退院リハビリテーション施設へ転院医師の指示に反して退院死亡
	部門 NurseUnit	イベントが発生した具体的な病棟、ユニット、または部門です。
説明イベント発生時に患者を担当していた物理的な場所または組織単位を特定します（例：「ICU」「一般外科」「救急部」）。ユニット間の移動を追跡し、「病棟間移送効率」ダッシュボードで役立ちます。Cernerでは、受診テーブルまたは追跡テーブルの`LOC_NURSE_UNIT_CD`に該当することが多い項目です。重要な理由特定の部門におけるボトルネックの分析や、患者フローの分布の可視化に必要です。入手先テーブル：ENCOUNTERまたはCLINICAL_EVENT、列：LOC_NURSE_UNIT_CD 例救急部循環器病棟ICU放射線科
	オーダー番号 OrderId	特定のオーダー（検査、薬剤、コンサルテーション）を一意に識別するIDです。
説明オーダーに対してシステムが生成するIDです。Case IDではありませんが、重要な副次キーです。「診断オーダー発行」イベントと「診断結果検証済み」イベントを関連付けます。このIDがない場合、患者に複数のオーダーが同時に存在すると、特定の検査の正確なターンアラウンドタイムを計算することが難しくなります。重要な理由対応するアクティビティ（Order → Result）を正確に関連付けるために必要です。入手先テーブル：ORDERS、列：ORDER_ID 例 88291028829103
	トリアージ優先度 TriageAcuity	トリアージ評価時に割り当てられた緊急度です。
説明患者の状態の重症度を示す数値またはカテゴリ値です（例：1「即時対応」から5「緊急性なし」）。待ち時間を分析する際の重要な分類属性であり、優先度の高い患者ほど待ち時間が短いことが期待されます。通常は、トリアージイベント中に臨床フォームまたは特定の観察コードとして記録されます。重要な理由臨床上の緊急度に応じて、プロセスが患者を適切に優先しているかを検証するために重要です。入手先 Oracle Health（Cerner）のドキュメントを参照してください例 12345
	入院経路 AdmissionSource	患者が入院に至った経路です。
説明患者がどのように病院システムへ入ったかを示します。医師からの紹介、救急外来、他院からの転院などが該当します。病院プロセスの「入口」を分析する際に役立ちます。`ENCOUNTER`テーブルの`ADMIT_SRC_CD`に対応します。重要な理由入口に応じて「初回評価待ち時間」を分析する際の背景情報を提供します。入手先テーブル：ENCOUNTER、列：ADMIT_SRC_CD 例救急外来医師からの紹介病院からの転院
	支払者種別 FinancialClass	患者の主な保険適用または財務上の分類です。
説明支払元に基づいて患者を分類します（例：「メディケア」「民間保険」「自己負担」）。保険種別によってプロセスフローや在院日数が異なるかを分析するために使用します。 `ENCOUNTER`テーブルの`FINANCIAL_CLASS_CD`から取得します。重要な理由支払者種別に基づく医療提供や事務処理の格差を特定するのに役立ちます。入手先テーブル：ENCOUNTER、列：FINANCIAL_CLASS_CD（CODE_VALUEで解決）例メディケアBlue Cross自己負担Medicaid
	結果の状態 ResultStatus	診断結果の状態です（例：「承認（検証済み）」「修正済み」「暫定」）。
説明診断検査結果のライフサイクル上の段階を示します。「診断結果提供時間」分析で、臨床上の意思決定に正式に利用可能になった時点を特定するために使用します。通常は、特定のステータスコードとともに`CLINICAL_EVENT`テーブルに記録されます。重要な理由暫定結果と最終結果を区別します。これにより、後続のアクティビティを開始できる時点が変わります。入手先テーブル：CLINICAL_EVENT、列：RESULT_STATUS_CD 例承認（確認済み）エラー変更済み
	薬剤の状態 MedAdminStatus	薬剤オーダーの状態です（例：「投与済み」「拒否」「未投与」）。
説明薬剤投与タスクの結果を示します。「薬剤投与コンプライアンス」ダッシュボードでは、実際に投与された薬剤と、予定されていたものの未投与または拒否された薬剤を区別することが重要です。通常は`CLINICAL_EVENT`テーブルまたは薬剤投与記録（MAR）専用テーブルに記録されます。重要な理由治療プロトコルにおけるコンプライアンス上の不足を特定します。入手先 Oracle Health（Cerner）のドキュメントを参照してください例投与済み拒否保留

必須推奨任意

患者ジャーニーのアクティビティ

正確なプロセスディスカバリーとボトルネックの特定に向けて、イベントログに記録すべき主要なプロセス手順と節目です。

8 推奨 6 任意

	アクティビティ	説明
	トリアージ評価完了	救急または入院の場面で、初回の看護評価またはトリアージフォームの記入が完了したことを示します。通常、システム内に記録された特定のフォームまたは臨床イベントが該当します。
重要な理由「初回評価待ち時間」KPIの計算と、受付時点のボトルネック特定に欠かせません。入手先 CLINICAL_EVENTテーブル。トリアージまたは初回評価フォームに関連するイベントコードで絞り込みます。取得臨床文書またはフォームに署名・確認が行われた時点で記録イベントタイプ explicit
	患者様の登録完了	患者様が到着し、システムに登録された時点で、患者様のエピソードが始まったことを示します。Cerner Millenniumでは、受診記録が作成された時点、または登録タイムスタンプが設定された時点で記録されます。
重要な理由在院日数（LOS）の計算と初期待ち時間の分析における開始時刻を設定します。入手先 ENCOUNTERテーブルのREG_DT_TM（登録日時）列です。取得トランザクションによって新しいENCOUNTER行が作成された時点で記録イベントタイプ explicit
	患者様の退院	患者様の入院を終了する最後の管理イベントです。このタイムスタンプを使って在院日数全体を計算します。
重要な理由プロセスの主要な終了イベントです。在院日数と再入院の計算に欠かせません。入手先 ENCOUNTERテーブルのDISCH_DT_TM（退院日時）列です。取得受診記録のステータスがDISCHARGEDに変更された時点で記録イベントタイプ explicit
	診断オーダー入力	臨床医が検査または画像診断のオーダーを入力した時点で発生します。このタイムスタンプが診断の所要時間の計算を開始します。
重要な理由「診断結果提供時間」KPIの開始点です。オーダーから実施までの遅延を特定するのに役立ちます。入手先 ORDERSテーブル。カタログ種別がLaboratoryまたはRadiologyである場合のORIG_ORDER_DT_TMを使用します。取得オーダーのステータスがORDEREDに設定された時点で記録イベントタイプ explicit
	診断の記録	患者様の受診記録に正式な診断が追加された時点で発生します。検査結果とは異なり、臨床医が疾患や状態を確認したことを示します。
重要な理由「診断確定」マイルストーンと、確定診断までの時間の分析に欠かせません。入手先 DIAGNOSISテーブル。ENCOUNTER_IDにリンクされたDIAGNOSIS_DT_TMを使用します。取得 PowerChartで診断が追加または更新された時点で記録イベントタイプ explicit
	診断結果の確認完了	検査または画像診断の結果が確定し、臨床医が利用できるようになった時点です。診断の所要時間の計測区間が終了します。
重要な理由「診断結果提供時間」のサイクルを完了し、その後の治療判断を開始します。入手先 CLINICAL_EVENTテーブル（検査の場合）またはORDERSのステータスがCOMPLETEDに変更された時点です。取得結果のステータスがAUTH（Authenticated）に変更された時点で記録イベントタイプ explicit
	退院オーダー署名	医師が患者様の退院オーダーを入力したイベントです。退院計画の計測を開始します。
重要な理由「退院計画サイクル時間」の開始点です。この時点から実際の退院までに差がある場合、業務上の遅延を示します。入手先 ORDERSテーブル。カタログ種別がDischargeであるレコードを使用します。取得退院オーダーのステータスがORDEREDになった時点で記録イベントタイプ explicit
	部門間の移送発生	患者様がある場所（例：ER）から別の場所（例：ICU）へ実際に移動したことを示します。ロケーション履歴を通じて追跡されます。
重要な理由「病棟間移送効率」の分析を可能にし、病院内の患者様の流れを可視化するのに役立ちます。入手先 ENCNTR_LOC_HIST（受診記録ロケーション履歴）テーブル。LOC_NURSE_UNIT_CDの変更を記録します。取得前後のステータスフィールドを比較イベントタイプ inferred
	ケアプランの有効化	CernerでPowerPlanまたは医療経路が開始されたことを示します。標準化された治療プロトコルが選択されたことを意味します。
重要な理由実際の医療と計画された経路を比較する「治療プロトコル逸脱分析」に欠かせません。入手先 ACT_PW_CAT（Action Pathway Catalog）またはDCP_FORMS_REF。経路を受診記録にリンクします。取得 PowerPlanが開始された時点で記録イベントタイプ explicit
	コンサルテーション完了	専門医によるコンサルテーションが完了したことを示します。通常、署名済みのコンサルテーション記録または文書で確認できます。
重要な理由専門医の意見を受け取った時点を特定します。複雑な医療経路では、ここがボトルネックになる場合があります。入手先 CLINICAL_EVENTテーブル。コンサルテーションに分類された文書種別で絞り込みます。取得コンサルテーション記録に署名された時点で記録イベントタイプ explicit
	フォローアップ予約の設定	同じエピソードまたはケアプランに関連付けられた将来の予約が、患者様に対して設定された時点で発生します。
重要な理由「フォローアップ予約の適時性」ダッシュボードを支援します。ケアの継続性に関する業務効率を測定します。入手先 SCH_APPT（予約スケジュール）テーブル。PERSON_IDにリンクします。取得予約スケジュールモジュールで予約が作成された時点で記録イベントタイプ explicit
	処置の予約完了	手術または主要な処置が特定の時間に予約されたことを示します。リソース配分や処置前の待ち時間を把握するのに役立ちます。
重要な理由手術室や処置室の利用における予約効率と潜在的なボトルネックを明らかにします。入手先受診記録にリンクされたSURGICAL_CASEテーブルまたはSCH_APPTテーブルです。取得予約トランザクションが確定した時点で記録イベントタイプ explicit
	処置の実施	手術または主要な処置が実際に行われた時点を示すタイムスタンプです。通常、周術期の文書に記録されます。
重要な理由臨床経路とリソース利用の分析における重要なマイルストーンです。入手先 SURGICAL_CASEテーブル（Case Start／Stop時刻）またはベッドサイド処置のCLINICAL_EVENTです。取得 SurgiNetまたは処置文書を通じて記録イベントタイプ explicit
	投薬実施	Medication Administration Record（MAR）に記録された、患者様への実際の投薬を記録します。
重要な理由投薬が予定どおり実施されたかを確認し、「投薬実施コンプライアンス」ダッシュボードを支援します。入手先 CLINICAL_EVENTテーブル。投薬実施イベント（Task Status = Complete）で絞り込みます。取得バーコードのスキャンまたはMARへの手入力時に記録イベントタイプ explicit

推奨任意

抽出ガイド

Oracle Health（Cerner）からデータを取得する方法

ステップ

Discern Visual Developerを起動：CitrixまたはローカルのCernerドメインアクセス環境で、Discern Visual Developer（DVDev）アプリケーションを開きます。
新しいスクリプトを作成：新しいCommand Language（CCL）スクリプトファイル（例：extract_patient_journey.prg）を作成します。
プロンプトを定義：スクリプトの先頭で、特定の期間を動的に指定できるよう、start_dateとend_dateのユーザープロンプトを定義します。
定数を設定：特定のCode Sets（Encounter Types、Order Catalogs、Event Codesなど）の定数を定義し、ドメインによって異なる数値のcode_value識別子をハードコードしないようにします。組織のTriage、Discharge、Consultフォームに対応するcode_valueまたはdisplay_keyを確認する必要があります。
クエリを作成：以下に示すSQLクエリをスクリプト本文にコピーします。このクエリではUNION ALLを使い、複数のテーブル（ENCOUNTER、CLINICAL_EVENT、ORDERS、SURG_CASE_TBLなど）のデータを、単一のフラットなイベントログ構造にまとめます。
スクリプトをコンパイル：コンパイル機能（Ctrl+F7またはBuildメニュー）を使い、構文エラーを確認します。参照するテーブルへのSELECTアクセス権があることを確認してください。
実行してエクスポート：スクリプトを実行します（Go/F9）。出力先で「Spreadsheet」または「Flat File」を選択し、出力結果をCSVファイルとして保存します。
データ変換（任意）：日付がCerner固有の形式（Julian日付やISO以外のタイムスタンプなど）で返される場合は、Excelまたはスクリプトを使い、アップロード前にYYYY-MM-DD HH:MM:SS形式へ変換します。
検証：PowerChartで既知の患者のEncounter ID（FIN）と照合し、タイムスタンプが抽出結果と一致することを確認します。
ProcessMindへアップロード：CSVファイルをProcessMindにインポートし、EncounterIdをCase ID、ClinicalEventTagをアクティビティ、EventEndDateTimeをTimestampにマッピングします。

設定

期間：推奨する実行期間は3～6か月です。CLINICAL_EVENTテーブルのサイズが大きいため、期間が長いとタイムアウトする場合があります。
Code Sets（CDF）：このクエリではcode_valueによるフィルターを使用します。[REPLACE_WITH_TRIAGE_EVENT_CD]のようなプレースホルダーを、ドメイン内の実際のコード（CODE_VALUEテーブルで確認）に置き換えてください。
権限：スクリプトの実行ユーザーには、ENCOUNTER、CLINICAL_EVENT、ORDERS、SURG_CASE_TBL、ENCNTR_LOC_HIST、SCH_APPOINTMENTなどのテーブルに対するd（Database）アクセス権が必要です。
パフォーマンス：CLINICAL_EVENTテーブルは非常に大きいため、EVENT_END_DT_TMの日付フィルターにインデックスが設定され、厳密に適用されていることを確認してください。
再入院ロジック：IsReadmission属性はプレースホルダーとして含まれています。複雑な過去期間参照のロジックは、抽出クエリではなく、読み込み後にProcessMindアプリケーション内で処理することを推奨します。

a サンプルクエリ sql

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Patient Registered'
    , EventEndDateTime = FORMAT(E.REG_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = P.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = 'N/A'
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1) /* Days */
    , IsReadmission = '0' /* Calculate in Tool */
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    ENCOUNTER E
    , PERSON P
    , PRSNL PR
WHERE
    E.REG_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND E.PERSON_ID = P.PERSON_ID
    AND E.REG_PRSNL_ID = PR.PERSON_ID
    AND E.ACTIVE_IND = 1

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Triage Assessment Completed'
    , EventEndDateTime = FORMAT(CE.EVENT_END_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = CE.EVENT_TAG
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    CLINICAL_EVENT CE
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    CE.EVENT_END_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND CE.EVENT_CD IN ([REPLACE_WITH_TRIAGE_EVENT_CD]) /* e.g., Triage Acuity */
    AND CE.VALID_UNTIL_DT_TM > CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3)
    AND CE.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND CE.PERFORMED_PRSNL_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Diagnostic Order Placed'
    , EventEndDateTime = FORMAT(O.ORIG_ORDER_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = O.ORDER_MNEMONIC
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    ORDERS O
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    O.ORIG_ORDER_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND O.CATALOG_TYPE_CD IN ([REPLACE_WITH_LAB_RAD_CODES]) /* General Lab, Radiology */
    AND O.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND O.ORDER_STATUS_CD != [REPLACE_WITH_CANCELED_CODE]
    AND O.STATUS_PRSNL_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Procedure Scheduled'
    , EventEndDateTime = FORMAT(SCT.UPDT_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = 'Surgical Case'
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    SURG_CASE_TBL SCT
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    SCT.UPDT_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND SCT.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND SCT.UPDT_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Diagnosis Documented'
    , EventEndDateTime = FORMAT(D.DIAG_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = D.DIAGNOSIS_DISPLAY
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = D.DIAGNOSIS_DISPLAY
FROM
    DIAGNOSIS D
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    D.DIAG_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND D.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND D.ACTIVE_IND = 1
    AND D.DIAG_PRSNL_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Care Plan Activated'
    , EventEndDateTime = FORMAT(PWC.START_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = PWC.DESCRIPTION
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    ACT_PW_COMP PWC
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    PWC.START_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND PWC.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND PWC.ACTIVE_IND = 1
    AND PWC.START_PRSNL_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Medication Administered'
    , EventEndDateTime = FORMAT(CE.EVENT_END_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = CE.EVENT_TAG
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    CLINICAL_EVENT CE
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    CE.EVENT_END_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND CE.EVENT_CLASS_CD = [REPLACE_WITH_MED_ADMIN_CLASS] /* e.g., 232 (MED) */
    AND CE.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND CE.VALID_UNTIL_DT_TM > CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3)
    AND CE.PERFORMED_PRSNL_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Diagnostic Result Verified'
    , EventEndDateTime = FORMAT(CE.VERIFIED_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = CE.EVENT_TAG
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    CLINICAL_EVENT CE
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    CE.VERIFIED_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND CE.EVENT_CLASS_CD IN ([REPLACE_WITH_LAB_RAD_CLASS_CODES])
    AND CE.RESULT_STATUS_CD = [REPLACE_WITH_AUTH_STATUS_CD]
    AND CE.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND CE.VERIFIED_PRSNL_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Procedure Performed'
    , EventEndDateTime = FORMAT(SCT.SURG_START_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = 'N/A'
    , OrderMnemonic = 'Surgical Case'
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    SURG_CASE_TBL SCT
    , ENCOUNTER E
WHERE
    SCT.SURG_START_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND SCT.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Department Transfer Occurred'
    , EventEndDateTime = FORMAT(ELH.BEG_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(ELH.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = 'Transfer'
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    ENCNTR_LOC_HIST ELH
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    ELH.BEG_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND ELH.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND ELH.UPDT_ID = PR.PERSON_ID
    AND ELH.ACTIVE_IND = 1

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Consultation Completed'
    , EventEndDateTime = FORMAT(CE.EVENT_END_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = CE.EVENT_TAG
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    CLINICAL_EVENT CE
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    CE.EVENT_END_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND CE.EVENT_CD IN ([REPLACE_WITH_CONSULT_NOTE_CODES])
    AND CE.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND CE.PERFORMED_PRSNL_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Discharge Order Signed'
    , EventEndDateTime = FORMAT(O.ORIG_ORDER_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = O.ORDER_MNEMONIC
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    ORDERS O
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    O.ORIG_ORDER_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND O.ORDER_MNEMONIC = '*Discharge*'
    AND O.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND O.STATUS_PRSNL_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Patient Discharged'
    , EventEndDateTime = FORMAT(E.DISCH_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = E.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = 'N/A'
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    ENCOUNTER E
    , PERSON P
    , PRSNL PR
WHERE
    E.DISCH_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND E.PERSON_ID = P.PERSON_ID
    AND E.ACTIVE_IND = 1
    AND E.UPDT_ID = PR.PERSON_ID

UNION ALL

SELECT
    EncounterId = E.ENCNTR_ID
    , ClinicalEventTag = 'Follow-up Appointment Scheduled'
    , EventEndDateTime = FORMAT(SA.UPDT_DT_TM, 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , SourceSystem = 'Cerner'
    , LastDataUpdate = FORMAT(CNVTDATETIME(CURDATE, CURTIME3), 'YYYY-MM-DD HH:MM:SS')
    , PersonId = SA.PERSON_ID
    , EncounterType = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.ENCNTR_TYPE_CD)
    , NurseUnit = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.LOC_NURSE_UNIT_CD)
    , PerformingPrsnlId = PR.NAME_FULL_FORMATTED
    , OrderMnemonic = 'Follow-up'
    , DischargeDisposition = UAR_GET_CODE_DISPLAY(E.DISCH_DISPOSITION_CD)
    , LengthOfStay = DATETIFF(E.DISCH_DT_TM, E.REG_DT_TM, 1)
    , IsReadmission = '0'
    , DiagnosisCode = 'N/A'
FROM
    SCH_APPOINTMENT SA
    , ENCOUNTER E
    , PRSNL PR
WHERE
    SA.UPDT_DT_TM BETWEEN CNVTDATETIME($start_date) AND CNVTDATETIME($end_date)
    AND SA.ENCNTR_ID = E.ENCNTR_ID
    AND SA.BEG_DT_TM > E.DISCH_DT_TM
    AND SA.SCH_STATE_CD != [REPLACE_WITH_CANCELED_STATE_CD]
    AND SA.UPDT_ID = PR.PERSON_ID

ステップ

前提条件の設定：必要なライブラリ（pandas、requests）をインストールしたPythonと、Oracle Health（Cerner）FHIR R4エンドポイント用の有効なOAuth2認証情報（client_id、client_secret）を用意してください。Patient、Encounter、Observation、Condition、手順、MedicationAdministration、ServiceRequest、DiagnosticReportに対するスコープを有効にする必要があります。
認証処理：認証サーバーからBearerトークンを取得する認証ハンドラーを実装します。Cernerの実装では、通常SMART on FHIRまたは標準的なOAuth2クライアント認証情報フローを使用します。提供されたスクリプトがトークン取得を処理します。
対象範囲と期間の定義：抽出期間（例：last_updated_gtまたはdateパラメーター）を決定します。Patient Episodesの対象範囲を定義するには、Encounterリソースの日付範囲で反復処理する方法が推奨されます。
Encounterの取得（患者エピソード）：Encounterリソースをクエリします。このオブジェクトが中心的なハブ（ケース識別子）になります。Encounterリソース自体から、period.startを患者登録、period.endを患者退院として抽出し、locationの履歴を反復処理して診療科移動発生を取得します。
臨床オーダーの抽出：Encounter IDで絞り込んだServiceRequestリソースをクエリします。intent=orderで絞り込み、診断オーダー登録と、外科オーダーとして分類されている場合の手順予定を取得します。authoredOnをイベントタイムスタンプに対応付けます。
診断と問題の抽出：Encounterに関連付けられたConditionリソースをクエリします。recordedDateまたはonsetDateTimeを使用して、診断記録イベントを作成します。可能な場合は、categoryがencounter-diagnosisのリソースに絞り込みます。
手順の抽出：手順リソースをクエリします。performedDateTimeを使用して、手順実施イベントを生成します。これにより、予定された手順と完了した手術を区別できます。
投薬情報の抽出：MedicationAdministrationリソースをクエリします。実際の投薬を記録するため、MedicationRequestとは区別して扱います。投薬実施イベントにはeffectiveDateTimeを使用します。
検査と結果の抽出：ObservationまたはDiagnosticReportリソースをクエリします。診断結果確認イベントにはissuedまたはeffectiveDateTimeを使用します。status=finalを確認してください。また、特定のObservationコード（例：トリアージ緊急度を示すLOINC）を使用して、トリアージ評価完了を特定します。
文書化とケアプランの抽出：DocumentReferenceを使用して診察完了（文書種別コードに基づく）を、CarePlanを使用してケアプラン有効化イベントを取得します。
退院アクティビティの特定：退院オーダー署名の導出には、特定の退院オーダーコードを持つServiceRequestの確認や、最終退院前のステータスをEncounter.statusHistoryから解析する処理が必要になることがよくあります。
データ変換とエクスポート：JSONレスポンスを表形式に変換します。必要な列（EncounterId、ClinicalEventTag、EventEndDateTimeなど）を作成します。タイムスタンプをISO 8601形式に変換し、ProcessMindにアップロードできる最終データセットをCSVファイルにエクスポートします。

設定

FHIR Base URL：Oracle Health／Cernerインスタンス固有のエンドポイント（例：https://fhir-myrecord.cerner.com/r4/...）です。
認証スコープ：アプリケーションにsystem/Encounter.read、system/Observation.read、system/Patient.read、system/Procedure.read、system/Condition.readなどが付与されていることを確認してください。
日付フィルター：Encounterリソースでdate=ge[YYYY-MM-DD]を使用し、指定日以降に開始したエピソードを取得します。全履歴をクエリしないでください。
ページネーション：APIはBundleでデータを返します。全データを取得するには、スクリプトでページネーションリンク（relation: next）を処理する必要があります。
並列処理：大量の抽出では、Encounter IDの範囲ごとにリクエストを並列化する方法を検討できます。ただし、APIのレート制限（Throttling）を守ってください。
コードフィルター：Triageと一般的なObservationを正確に区別できるよう、スクリプトのマッピングセクションで特定のLOINCまたはSNOMEDコードを設定します。

a サンプルクエリ python

import requests
import pandas as pd
import time
from datetime import datetime, timedelta

class=class="hl-string">"hl-comment"># === CONFIGURATION ===
FHIR_BASE_URL = class="hl-string">"https://fhir-ehr.cerner.com/r4/ec2458f2-1e24-41c8-b71b-0e701af7583d"  class=class="hl-string">"hl-comment"># Placeholder
CLIENT_ID = class="hl-string">"[YOUR_CLIENT_ID]"
CLIENT_SECRET = class="hl-string">"[YOUR_CLIENT_SECRET]"
TOKEN_URL = class="hl-string">"https://authorization.cerner.com/tenants/ec2458f2-1e24-41c8-b71b-0e701af7583d/protocols/oauth2/profiles/smart-v1/token"

class=class="hl-string">"hl-comment"># Standard headers
HEADERS = {
    class="hl-string">"Accept": class="hl-string">"application/fhir+json",
    class="hl-string">"Content-Type": class="hl-string">"application/json"
}

class=class="hl-string">"hl-comment"># === AUTHENTICATION ===
def get_access_token():
    class=class="hl-string">"hl-comment"># Basic OAuth2 Client Credentials implementation
    class=class="hl-string">"hl-comment"># Adjust for specific SMART on FHIR flows if needed
    payload = {
        class="hl-string">"grant_type": class="hl-string">"client_credentials",
        class="hl-string">"client_id": CLIENT_ID,
        class="hl-string">"client_secret": CLIENT_SECRET,
        class="hl-string">"scope": class="hl-string">"system/Encounter.read system/Patient.read system/Observation.read system/Procedure.read system/Condition.read system/MedicationAdministration.read system/ServiceRequest.read"
    }
    try:
        response = requests.post(TOKEN_URL, data=payload, auth=(CLIENT_ID, CLIENT_SECRET))
        response.raise_for_status()
        return response.json()[class="hl-string">"access_token"]
    except Exception as e:
        print(fclass="hl-string">"Auth failed: {e}")
        return None

class=class="hl-string">"hl-comment"># === API HELPER ===
def fetch_resource(url, token):
    resources = []
    headers = HEADERS.copy()
    headers[class="hl-string">"Authorization"] = fclass="hl-string">"Bearer {token}"
    
    while url:
        try:
            resp = requests.get(url, headers=headers)
            if resp.status_code == 429:
                time.sleep(2)
                continue
            resp.raise_for_status()
            data = resp.json()
            
            if class="hl-string">'entry' in data:
                resources.extend([item[class="hl-string">'resource'] for item in data[class="hl-string">'entry']])
            
            class=class="hl-string">"hl-comment"># Handle Pagination
            url = None
            for link in data.get(class="hl-string">'link', []):
                if link[class="hl-string">'relation'] == class="hl-string">'next':
                    url = link[class="hl-string">'url']
                    break
        except Exception as e:
            print(fclass="hl-string">"Error fetching {url}: {e}")
            break
    return resources

class=class="hl-string">"hl-comment"># === MAIN EXTRACTION ===
def extract_patient_journey(start_date, end_date):
    token = get_access_token()
    if not token:
        return

    class=class="hl-string">"hl-comment"># 1. Fetch Encounters (Episodes)
    print(class="hl-string">"Fetching Encounters...")
    enc_url = fclass="hl-string">"{FHIR_BASE_URL}/Encounter?date=ge{start_date}&date=le{end_date}"
    encounters = fetch_resource(enc_url, token)
    
    event_log = []

    print(fclass="hl-string">"Processing {len(encounters)} encounters...")
    
    for enc in encounters:
        enc_id = enc.get(class="hl-string">'id')
        patient_id = enc.get(class="hl-string">'subject', {}).get(class="hl-string">'reference', class="hl-string">'').replace(class="hl-string">'Patient/', class="hl-string">'')
        enc_type = enc.get(class="hl-string">'class', {}).get(class="hl-string">'code', class="hl-string">'Unknown')
        
        class=class="hl-string">"hl-comment"># Helper to append event
        def add_event(tag, timestamp, order_item=None, location=None):
            if timestamp:
                event_log.append({
                    class="hl-string">"EncounterId": enc_id,
                    class="hl-string">"PersonId": patient_id,
                    class="hl-string">"ClinicalEventTag": tag,
                    class="hl-string">"EventEndDateTime": timestamp,
                    class="hl-string">"SourceSystem": class="hl-string">"OracleHealth_Cerner",
                    class="hl-string">"EncounterType": enc_type,
                    class="hl-string">"NurseUnit": location,
                    class="hl-string">"OrderMnemonic": order_item,
                    class="hl-string">"LastDataUpdate": datetime.now().isoformat()
                })

        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 1: Patient Registered ---
        start_time = enc.get(class="hl-string">'period', {}).get(class="hl-string">'start')
        add_event(class="hl-string">"Patient Registered", start_time)

        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 13: Patient Discharged ---
        end_time = enc.get(class="hl-string">'period', {}).get(class="hl-string">'end')
        class=class="hl-string">"hl-comment"># Activity 12: Discharge Order Signed (Inferred from status or specific request)
        class=class="hl-string">"hl-comment"># For simplicity, if end_time exists, we assume discharge order preceded it slightly or check ServiceRequest
        add_event(class="hl-string">"Patient Discharged", end_time)

        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 10: Department Transfer Occurred ---
        locations = enc.get(class="hl-string">'location', [])
        for i, loc in enumerate(locations):
            loc_name = loc.get(class="hl-string">'location', {}).get(class="hl-string">'display', class="hl-string">'Unknown Unit')
            loc_start = loc.get(class="hl-string">'period', {}).get(class="hl-string">'start')
            class=class="hl-string">"hl-comment"># Skip the first location as it's usually registration
            if i > 0 and loc_start:
                add_event(class="hl-string">"Department Transfer Occurred", loc_start, location=loc_name)

        class=class="hl-string">"hl-comment"># === FETCH SUB-RESOURCES ===
        class=class="hl-string">"hl-comment"># Note: In production, consider batch requests or bulk export if available to avoid N+1 queries
        
        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 5: Diagnosis Documented ---
        cond_url = fclass="hl-string">"{FHIR_BASE_URL}/Condition?patient={patient_id}&encounter={enc_id}"
        conditions = fetch_resource(cond_url, token)
        for cond in conditions:
            dx_name = cond.get(class="hl-string">'code', {}).get(class="hl-string">'text', class="hl-string">'Unknown Diagnosis')
            dx_time = cond.get(class="hl-string">'recordedDate') or cond.get(class="hl-string">'onsetDateTime')
            add_event(class="hl-string">"Diagnosis Documented", dx_time, order_item=dx_name)

        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 9: Procedure Performed ---
        proc_url = fclass="hl-string">"{FHIR_BASE_URL}/Procedure?patient={patient_id}&encounter={enc_id}"
        procedures = fetch_resource(proc_url, token)
        for proc in procedures:
            if proc.get(class="hl-string">'status') == class="hl-string">'completed':
                proc_name = proc.get(class="hl-string">'code', {}).get(class="hl-string">'text', class="hl-string">'Unknown Procedure')
                proc_time = proc.get(class="hl-string">'performedDateTime')
                add_event(class="hl-string">"Procedure Performed", proc_time, order_item=proc_name)

        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 7: Medication Administered ---
        med_url = fclass="hl-string">"{FHIR_BASE_URL}/MedicationAdministration?patient={patient_id}&encounter={enc_id}"
        meds = fetch_resource(med_url, token)
        for med in meds:
            if med.get(class="hl-string">'status') == class="hl-string">'completed':
                med_name = med.get(class="hl-string">'medicationCodeableConcept', {}).get(class="hl-string">'text', class="hl-string">'Unknown Med')
                med_time = med.get(class="hl-string">'effectiveDateTime')
                add_event(class="hl-string">"Medication Administered", med_time, order_item=med_name)

        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 2, 8: Observations (Triage & Labs) ---
        obs_url = fclass="hl-string">"{FHIR_BASE_URL}/Observation?patient={patient_id}&encounter={enc_id}"
        observations = fetch_resource(obs_url, token)
        for obs in observations:
            obs_code = obs.get(class="hl-string">'code', {}).get(class="hl-string">'text', class="hl-string">'')
            obs_time = obs.get(class="hl-string">'effectiveDateTime') or obs.get(class="hl-string">'issued')
            categories = [c.get(class="hl-string">'code') for cat in obs.get(class="hl-string">'category', []) for c in cat.get(class="hl-string">'coding', [])]
            
            if class="hl-string">'triage' in str(categories).lower() or class="hl-string">'acuity' in obs_code.lower():
                add_event(class="hl-string">"Triage Assessment Completed", obs_time, order_item=obs_code)
            elif class="hl-string">'laboratory' in str(categories).lower() and obs.get(class="hl-string">'status') == class="hl-string">'final':
                add_event(class="hl-string">"Diagnostic Result Verified", obs_time, order_item=obs_code)

        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 3, 4, 12: Service Requests (Orders) ---
        req_url = fclass="hl-string">"{FHIR_BASE_URL}/ServiceRequest?patient={patient_id}&encounter={enc_id}"
        requests_list = fetch_resource(req_url, token)
        for req in requests_list:
            req_name = req.get(class="hl-string">'code', {}).get(class="hl-string">'text', class="hl-string">'Unknown Order')
            req_time = req.get(class="hl-string">'authoredOn')
            intent = req.get(class="hl-string">'intent')
            
            if intent == class="hl-string">'order':
                class=class="hl-string">"hl-comment"># Simple logic to distinguish Labs vs other orders based on code or category
                add_event(class="hl-string">"Diagnostic Order Placed", req_time, order_item=req_name)
            elif intent == class="hl-string">'plan':
                 add_event(class="hl-string">"Procedure Scheduled", req_time, order_item=req_name)
            
            class=class="hl-string">"hl-comment"># Discharge Order Logic (Placeholder: Check for specific discharge code)
            if class="hl-string">"discharge" in req_name.lower():
                add_event(class="hl-string">"Discharge Order Signed", req_time)

        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 6: Care Plan Activated ---
        cp_url = fclass="hl-string">"{FHIR_BASE_URL}/CarePlan?patient={patient_id}&encounter={enc_id}"
        careplans = fetch_resource(cp_url, token)
        for cp in careplans:
            cp_start = cp.get(class="hl-string">'period', {}).get(class="hl-string">'start')
            add_event(class="hl-string">"Care Plan Activated", cp_start)

        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 11: Consultation Completed ---
        class=class="hl-string">"hl-comment"># Often DocumentReference
        doc_url = fclass="hl-string">"{FHIR_BASE_URL}/DocumentReference?patient={patient_id}&encounter={enc_id}"
        docs = fetch_resource(doc_url, token)
        for doc in docs:
            type_text = doc.get(class="hl-string">'type', {}).get(class="hl-string">'text', class="hl-string">'').lower()
            if class="hl-string">'consult' in type_text or class="hl-string">'note' in type_text:
                doc_date = doc.get(class="hl-string">'date') class=class="hl-string">"hl-comment"># When document was created/signed
                add_event(class="hl-string">"Consultation Completed", doc_date, order_item=type_text)
        
        class=class="hl-string">"hl-comment"># --- Activity 14: Follow-up Appointment Scheduled ---
        class=class="hl-string">"hl-comment"># Check for appointments created strictly after encounter start, linked to patient
        apt_url = fclass="hl-string">"{FHIR_BASE_URL}/Appointment?patient={patient_id}&date=ge{start_time}"
        appointments = fetch_resource(apt_url, token)
        for apt in appointments:
            created_date = apt.get(class="hl-string">'created') class=class="hl-string">"hl-comment"># When the booking happened
            if created_date and start_time and created_date >= start_time:
                 add_event(class="hl-string">"Follow-up Appointment Scheduled", created_date)

    class=class="hl-string">"hl-comment"># === EXPORT ===
    df = pd.DataFrame(event_log)
    class=class="hl-string">"hl-comment"># Basic cleaning
    df.drop_duplicates(inplace=True)
    df.fillna(class="hl-string">'', inplace=True)
    
    output_file = class="hl-string">"cerner_extraction.csv"
    df.to_csv(output_file, index=False)
    print(fclass="hl-string">"Extraction complete. Saved to {output_file}")

class=class="hl-string">"hl-comment"># Run extraction for a specific window
extract_patient_journey(class="hl-string">"2023-01-01", class="hl-string">"2023-01-07")

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